Nascido na capital paranaense em 19 demarço de 1957, Alvaro Eduardo Junqueira colou grau em Direito, pela Universidade Católica do Paraná, em 11 de janeiro de 1984. Na ocasião, foi orador da turma. Fez cursos de especialização na University of Florida (1996), e nas Faculdades Integradas Curitiba (2002-2004).

No âmbito profissional, entre 1980 e 1987 Alvaro Junqueira foi técnico de controle externo no Tribunal de Contas do Paraná. Passou a advogar em Curitiba e região metropolitana, registrado na OAB/PR sob o nº 11.829.

Obteve aprovação no concurso público do Ministério Público do Paraná, sendo empossado como promotor de justiça daquele estado em 18 de março de 1987. Exerceu suas funções nas comarcas de Marilândia do Sul, Cândido de Abreu, Colombo, Araucária, Guarapuava, Pinhão, Guaraniaçu, Laranjeiras do Sul, Prudentópolis, Bocaiuva do Sul e Cerro Azul. Foi, ainda, aprovado em concurso público de juiz de direito, no mesmo estado, porém optou por não assumir o cargo. Em 1991 logrou êxito no concurso público de provas e títulos para juiz federal substituto da 4ª Região, sendo nomeado para atuar na Vara única de Foz do Iguaçu. Promovido a titular, jurisdicionou na 5ª Vara Federal de Porto Alegre e na 7ª Vara Federal de Curitiba. No biênio 2002-2004 presidiu a turma recursal do Juizado Especial Federal do Paraná. Em abril de 2002, foi convocado pelo secretário-geral da Organização das Nações Unidas (ONU) para compor o Tribunal Penal Internacional para Crimes de Guerra no Timor Leste. Antes de ser promovido, pelo critério de antiguidade, ao Tribunal Regional Federal da 4ª Região, para ocupar vaga aberta com a aposentadoria do desembargador Fábio Bittencourt da Rosa, Alvaro Junqueira atuava como juiz convocado junto ao TRF4. A posse como novo membro do Tribunal, juntamente com a do desembargador Otávio Roberto Pamplona, foi realizada no plenário da Corte no dia 02 de julho de 2004.

Na ocasião em que coordenava o Sistema de Conciliação (Sistcon), o TRF4 ganhou o prêmio Conciliar é Legal, promovido pelo Conselho Nacional de Justiça, na categoria TRFs, com o projeto de realização de mutirões na Justiça Federal da 4ª Região, abrangendo os três estados do Sul.

Ao aposentar-se, em julho de 2013, o magistrado integrava a 7ª Turma do TRF4, especializada em Direito Penal.

Alvaro Junqueira faleceu em Curitiba, aos 60 anos, no dia 04 de setembro de 2017.